Pemaju utama Assassin's Creed Shadows 'memberi jaminan kepada pemain yang memberi tumpuan kepada protagonis tunggal tidak akan memberi kesan kepada pengalaman keseluruhan mereka. Permainan ini mempunyai dua watak yang boleh dimainkan: Naoe, seorang wanita shinobi, dan Yasuke, samurai Afrika bersejarah, yang dimasukkannya telah menghasilkan perbincangan pra-pelepasan.
Kebimbangan timbul bahawa mengutamakan satu watak mungkin membawa kepada elemen cerita yang tidak dijawab atau permainan. Pengarah Kreatif Jonathan Dumont membincangkan kebimbangan ini, menggambarkan pendekatan seimbangnya sendiri: dia biasanya bermain 3-5 jam dengan satu watak, kemudian beralih ke yang lain selama 2-3 jam.
Walau bagaimanapun, Dumont menjelaskan bahawa pemain tidak akan menjadi kelemahan yang besar dengan memihak kepada satu watak. Walaupun setiap protagonis mempunyai urutan pembukaan yang unik dan jalan cerita peribadi, naratif permainan ini menyesuaikan diri dengan pilihan pemain. Dia menggalakkan pemain untuk mengikuti pilihan mereka: "Pengalaman teras adalah fleksibel. Pilih kegemaran anda, naratif akan menyesuaikan diri." Pada asasnya, sementara arka watak individu wujud, jalan cerita utama tetap diakses tanpa mengira pemain watak yang terutama digunakan.
