Lo sviluppatore principale di Assassin Creed Shadows assicura ai giocatori che concentrarsi su un singolo protagonista non avranno un impatto significativo sulla loro esperienza complessiva. Il gioco presenta due personaggi giocabili: Naoe, uno shinobi femminile e Yasuke, uno storico samurai africano, la cui inclusione ha generato discussioni pre-release.
Sono sorse le preoccupazioni sul fatto che la priorità di un personaggio potrebbe portare a elementi o gameplay mancati. Il direttore creativo Jonathan Dumont ha affrontato queste preoccupazioni, descrivendo il suo approccio equilibrato: in genere gioca 3-5 ore con un personaggio, quindi passa all'altro per 2-3 ore.
Tuttavia, Dumont ha chiarito che i giocatori non saranno in modo sostanziale svantaggio favorendo un personaggio. Mentre ogni protagonista vanta sequenze di apertura uniche e trame personali, la narrativa del gioco si adatta alla scelta del giocatore. Incoraggia i giocatori a seguire le loro preferenze: "L'esperienza di base è flessibile. Scegli il tuo preferito; la narrazione si adatterà". In sostanza, mentre esistono archi di personaggi individuali, la trama principale rimane accessibile indipendentemente da quali personaggi che giocatori utilizzano principalmente.
