Der leitende Entwickler von Assassins Creed Shadows versichert den Spielern, dass sich die Fokussierung auf einen einzelnen Protagonisten nicht wesentlich auf ihre Gesamterfahrung auswirken wird. Das Spiel enthält zwei spielbare Charaktere: Naoe, eine weibliche Shinobi, und Yasuke, eine historische afrikanische Samurai, deren Aufnahme eine Diskussion vor der Veröffentlichung hervorgebracht hat.
Bedenken ergaben, dass die Priorisierung eines Charakters zu verpassten Story -Elementen oder zu Gameplays führen könnte. Der Kreativdirektor Jonathan Dumont sprach diese Bedenken an und beschrieb seinen eigenen ausgewogenen Ansatz: Er spielt normalerweise 3-5 Stunden mit einem Charakter und wechselt dann 2-3 Stunden zum anderen.
Dumont stellte jedoch klar, dass die Spieler durch Bevorzugung eines Charakters keinen erheblichen Nachteil haben werden. Während jeder Protagonist einzigartige Eröffnungssequenzen und persönliche Handlungsstränge aufweist, passt sich die Erzählung des Spiels an die Wahl des Spielers an. Er ermutigt die Spieler, ihren Vorlieben zu folgen: "Die Kernerfahrung ist flexibel. Wählen Sie Ihren Favoriten; die Erzählung wird sich anpassen." Während individuelle Charakterbögen existieren, bleibt die Hauptgeschichte im Wesentlichen zugänglich, unabhängig davon, welche Charakterspieler hauptsächlich verwenden.