O desenvolvedor principal da Assassin's Creed Shadows garante aos jogadores que o foco em um único protagonista não afetará significativamente sua experiência geral. O jogo apresenta dois personagens jogáveis: Naoe, uma fêmea Shinobi e Yasuke, um samurai africano histórico, cuja inclusão gerou discussão pré-lançamento.
Surgiram preocupações de que priorizar um personagem pode levar a elementos ou jogabilidade perdidos. O diretor criativo Jonathan Dumont abordou essas preocupações, descrevendo sua própria abordagem equilibrada: ele normalmente joga de 3 a 5 horas com um personagem e depois muda para o outro por 2-3 horas.
No entanto, Dumont esclareceu que os jogadores não estarão em desvantagem substancial, favorecendo um personagem. Enquanto cada protagonista possui sequências de abertura exclusivas e histórias pessoais, a narrativa do jogo se adapta à escolha do jogador. Ele incentiva os jogadores a seguir suas preferências: "A experiência principal é flexível. Escolha o seu favorito; a narrativa se ajustará". Essencialmente, embora existam arcos de caráter individuais, o principal enredo permanece acessível, independentemente de quais jogadores de personagens utilizam principalmente.
