De hoofdontwikkelaar van Assassin's Creed Shadows verzekert spelers dat het focussen op een enkele hoofdrolspeler hun algehele ervaring niet aanzienlijk zal beïnvloeden. De game bevat twee speelbare personages: NAOE, een vrouwelijke shinobi en Yasuke, een historische Afrikaanse samurai, wiens inclusie de discussie voor de release heeft gegenereerd.
Er ontstonden bezorgdheid dat het prioriteren van één personage zou kunnen leiden tot gemiste verhaalelementen of gameplay. Creatief directeur Jonathan Dumont heeft deze zorgen aangepakt en zijn eigen evenwichtige aanpak beschrijft: hij speelt meestal 3-5 uur met het ene personage en schakelt vervolgens 2-3 uur over naar het andere.
Dumont verduidelijkte echter dat spelers niet in een aanzienlijk nadeel zullen zijn door één personage te begunstigen. Terwijl elke hoofdrolspeler unieke openingssequenties en persoonlijke verhaallijnen beschikt, past het verhaal van de game zich aan aan de keuze van de speler. Hij moedigt spelers aan om hun voorkeuren te volgen: "De kernervaring is flexibel. Kies je favoriet; het verhaal zal zich aanpassen." In wezen, hoewel er individuele karakterbogen bestaan, blijft de hoofdverhaallijn toegankelijk, ongeacht welke personagers voornamelijk gebruiken.
